История прихода начинается с октября 1988 года. В год празднования 1000-летия крещения Руси, по благословению архиепископа Омского и Тюменского Феодосия (+2013) решением заседания Совета по делам религий при Совете Министров СССР в г.Нефтеюганске была зарегистрирована Православная община в честь великомученика и целителя Пантелеимона, входящая в состав Омско-Тюменской Епархии. С этой даты и начинается летоисчисление православного прихода в г.Нефтеюганске.
25 декабря 1988 года для устроения в городе первого храма прихожанами, был приобретен балок в 11 «А» микрорайоне. Богослужения совершали священники из Тобольска и Омска.
20 апреля 1990 года Указом Его Преосвященства Преосвященнейшего Антония епископа Тобольского и Тюменского настоятелем прихода был назначен иерей (ныне – протоиерей) Николай Матвийчук, с приходом которого богослужения стали совершаться регулярно, а церковная жизнь начинала активно развиваться.
19 июля 1990 года Решением Исполнительного комитета Нефтеюганского городского Совета народных депутатов Ханты-Мансийского автономного округа № 173 церковной общине был выделен жилой дом по адресу: ул.Гагарина, дом 14. В нём был оборудован храм в честь великомученика и целителя Пантелеимона.
19 декабря 1990 года однокупольный храм в честь великомученика и целителя Пантелеимона был освящен Преосвященнейшим Димитрием епископом Тобольским и Тюменским.
17 января 1991 года Решением Исполнительного комитета Нефтеюганского городского Совета народных депутатов Ханты-Мансийского автономного округа приход был зарегистрирован как Свято-Пантелеимоновская церковь в составе Тобольско-Тюменской Епархии.
9 августа 1992 году епископ Тобольский и Тюменский Димитрий освятил краеугольный камень-сваю под строительство нового кирпичного пятикупольного храма на 250 человек с колокольней по проекту Санкт-Петербургского архитектора С.А.Ковалева.
В декабре 1992 года вышел в свет первый номер приходской газеты «Благовест» под редакцией Вострикова А.И.
В 1993 году на реке Юганская Обь впервые устраивается купель для погружения прихожан и жителей города в великий праздник Крещения Господня. С этого момента крещенская купель устраивается ежегодно.
В сентябре 1993 года по благословению Его Преосвященства епископа Тобольского и Тюменского Димитрия при храме святого великомученника и целителя Пантелеймона в городе Нефтеюганске была открыта воскресная школа, основной задачей которой является воцерковление детей в традициях Русской Православной Церкви. Выпускники воскресной школы пополняют ряды студентов духовных училищ и семинарий, светских высших учебных заведений, пополняя ряды православной интеллигенции, являющейся духовным потенциалом современного общества, 11 выпускников воскресной школы стали священнослужителями.
С 1995 года при воскресной школе прихода ежегодно в летний каникулярный период действует православный оздоровительный лагерь для детей «Радуга», который является логическим продолжением воспитательного процесса, проводимого воскресной школой и православной гимназией.
В 1996 году было начато строительство Комплекса православной общины с однокупольным храмом-крестильней на 150 человек и классами для Воскресной школы.
В этом же году начала работу православная библиотека прихода, в которой широко представлена духовно-нравственная, детская, историческая литература, аудио- и видеозаписи на православные темы, периодические издания Патриархии и епархии.
В 1997 году при приходе организовано православное Братство, члены которого несут послушание при храме: поют на клиросе, являются хоругвеносцами во время Крестных ходов, обеспечивают охрану храмов в ночное время суток, участвуют в строительно-хозяйственных работах прихода.
С января 1997 года на приходе осуществляет свою деятельность Отдел социального служения, который проводит работу по оказанию благотворительной помощи и социальной поддержки социально незащищенным категориям населения.
В 1997 году было закончено строительство храма Святого Духа и 19 октября 1997 года архиепископом Тобольским и Тюменским Димитрием были освящены два престола вновь построенного храма: верхний храм в честь Святого Духа и нижний придел храма в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона.
27 декабря 1997 года при приходе организовано православное Сестричество во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона. Основной целью деятельности Сестричества является возрождение многовековых традиций медико-социального служения Русской Православной Церкви, содействие развитию движения милосердия и душепопечения на основе православного вероисповедания в лечебно-профилактических и социальных учреждения города, оказание патронажной помощи престарелым людям и инвалидам на дому.
31 мая 1999 году по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия было открыто негосударственное общеобразовательное учреждение «Нефтеюганская православная гимназия». Гимназия предоставляет общее образование с выполнением требований федерального государственного общеобразовательного стандарта с включением дополнительного образования православного содержания.
С 1999 года в городе действует Нефтеюганское городское казачье общество Обь-Иртышского отдельского казачьего общества. Казаки являются прихожанами храма, обеспечивают охрану храмового комплекса и правопорядок во время Богослужений, Крестных ходов и других мероприятий, проводимых приходом.
Весной 2000 года по благословению настоятеля прихода храма Святого Духа протоиерея Николая Матвийчука в городе было сформировано Нефтеюганское отделение Межрегионального молодежного общественного движения «Сибирь Молодая Православная», целью которого стало приобщение молодых людей к духовным ценностям православия. В состав отделения вошла православная молодежь – прихожане храма.
24 сентября 2003 года Его Высокопреосвященством архиепископом Тобольским и Тюменским Димитрием и Его Преосвященством епископом Барнаульским и Алтайским Максимом был освящен «Комплекс православной общины» с крестильным храмом в честь иконы Божией Матери «Почаевская».
В мае 2007 года в структуре прихода начала свою работу группа православных врачей – Общество православных врачей в честь святителя Луки Войно-Ясенецкого. Целью общества является объединение усилий православных врачей для привнесения христианских православных ценностей в медицину и содействия укреплению здоровья населения.
В сентябре 2007 года в канун празднования 40-летия города Нефтеюганска по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, при участии губернатора ХМАО Филипенко А.В., президента ОАО НК «Роснефть» Богданчикова С.М., главы города Бурова С.В. был заложен краеугольный камень под строительство храма в честь Всех святых на месте первого Свято-Пантелеимоновского храма, в котором приняли Таинство Крещения более 40 000 горожан.
В сентябре 2007 года в составе воскресной школы прихода была организована дошкольная группа «Лучик» для детей в возрасте 5-7 лет с целью подготовки детей младшего возраста к обучению в НОУ «Нефтеюганская православная гимназия».
Летом 2010 году было начато строительство храма в честь преподобного Сергия Радонежского в деревянном исполнениина подсобном хозяйстве прихода, расположенном в урочище Березовый остров на территории Нефтеюганского района.
В августе 2010 года приход был реорганизован в Местную религиозную организацию православный Приход храма Святого Духа г.Нефтеюганска Ханты-Мансийского автономного округа-Югры Тюменской области Тобольско-Тюменской Епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).
16 октября 2010 года, в День рождения г.Нефтеюганска, состоялось открытие храма в честь Всех святых и была отслужена первая Божественная литургия.
30 мая 2011 года в соответствии с Решением Священного Синода из состава Тобольско-Тюменской епархии была выделена Ханты-Мансийская епархия, в октябре этого года приход был зарегистрирован в её составе.
18-19 июня 2011 года правящий архиерей вновь образованной Ханты-Мансийской Епархии епископ Ханты-Мансийский и Сургутский Павел впервые посетил приход.
1 сентября 2012 года епископ Ханты-Мансийский и Сургутский Павел освятил храм в честь преподобного Сергия Радонежского на подсобном хозяйстве прихода и 2 сентября 2012 года — вновь построенный храм в честь Всех святых.
07 мая 2013 года Указом Управляющего Ханты-Мансийской епархией было учреждено Нефтеюганское благочиние, в состав которого вошел приход храма Святого Духа.
В 2014 году на территории Ханты-Мансийской епархии было зарегистрировано Региональное молодежное общественное движение «Югра Молодая Православная», в состав которого вошло Нефтеюганское подразделение Нефтеюганского отделения РМОД «ЮМП».
В июле-августе 2014 года на территории Храмового комплекса был воздвигнут памятник великомученику и целителю Пантелеимону. 8 августа 2014 года освящение памятника провел епископ Ханты-Мансийский и Сургутский Павел.
В декабре 2014 года храм в честь Всех святых и земельный участок, на котором он расположен, был передан на баланс вновь организованному Приходу храма в честь Всех святых г.Нефтеюганска.
С ноября 2016 года, согласно указа управляющего епархией, настоятель прихода протоиерей Николай Матвийчук назначен священником, окормляющим храм великомученика и целителя Пантелеимона в с. Тундрино Сургутского района. В течение 2016-2017 годов силами прихожан и благотворителей проведены ремонтные работы в храме, регулярно стали совершатся богослужения.
В сентябре 2017 года начаты работы по канонической росписи храма Святого Духа (иконописец: Кетросан Александр Михайлович, г.Пермь).
2 сентября 2018 года митрополит Ханты-Мансийский и Сургутский Павел совершил чин Великого освящения Храма в честь Великомученика и Целителя Пантелеимона с. Тундрино
В настоящий момент помимо настоятеля протоиерея Николая Матвийчука пастырское служение на приходе несут: иерей Алексий Осипов, иерей Даниил Шумбасов, диакон Иоанн Рассудов.
Содержательна и многообразна жизнь прихода храма Святого Духа. Возрождаются старые добрые традиции православного Отечества, развиваются новые духовно-нравственные направления деятельности. Православные коллективы с честью представляют город на различных мероприятиях, конкурсах, фестивалях, выставках епархиального, межрегионального, всероссийского, международного уровней. Многие их выступления, работы отмечены дипломами и грамотами.
Церковь всегда несла и несет своему народу высокие идеалы нравственности, духовности, патриотизма. Общими силами прихожане совершают дело святое, душеспасительное, вписывая новые страницы в историю нашего православного прихода и города.